Для фильтрации пустых значений в качестве значения свойстав в фильтре надо указывать false, как и написано в документации https://dev.1c-bitrix.ru/api_help/iblock/filters/string.php. 

Пример: "CATALOG_PRICE_2" => false (без кавычек - ")

Для фильтрации НЕ пустых значений  - перед названием фильтруемого поля НЕОБХОДИМО указать тип проверки фильтра: "!" - не равно.

Пример: "!CATALOG_PRICE_2" => false (без кавычек - ")

Где 2 в примере это ID типа цены